Содержание питательных и вредных веществ необходимо указывать уже при планировании установки и перед решением о использовании того или иного органического отхода или отброса, необходимо также требовать такие данные анализов при получении заказа. Если не брать во внимание исключений (например спиртовая барда, пивная дробина и др.), то вредные и питательные вещества в отходах, в зависимости от их происхождения, могут очень отличаться.
В целом действует правило, что содержание примесей и вредных веществ тем выше, чем интенсивней перерабатывалось сыръе или чем невнимательней проводился раздел отходов. Поскольку история возникновения отходов имеет существенное влияние на содержание примесей и вредных веществ в них, соответственно полезно было бы проследить весь процесс переработки. Если напрямую отнять причину (расчленение, консервирование и так далее.), то состав и «чистота» отходов будут очень стабильными по своим характеристикам.
Отходы продуктов питания и биоотходы, напротив претерпевают сильные сезонные колебания в зависимости от происхождения и могут содержать большее или меньшее количество примесей и вредных веществ.
Если речи идет о внутренностях рыбы, упакованных отходах, консервах или биоотходах, то целесообразно договориться о возврате отсортированных примесей через отраслевое объединение по переработке отходов или даже возврате производителю отходов и включить издержки на утилизацию в расчеты рентабельности с целью их покрытия. При определенных обстоятельствах бывает что брожение такого субстрата оказывается невыгодным.
Возникающие вследствии коферментации расходы за перевозку питательных веществ должны быть отображены в производственном балансе питательных веществ (баланс двор-ворота предприятия) чтобы сравнить с допустимым годовым максимальным количесвом основных питательных веществ, которые допускается вывозить на используемые сельскохозяйственные поля.
В производствах с высоким поголовъем большого рогатого скота по причине содержания питательных веществ в отходах, коферментация возможна лишь при тех обстоятельствах, если питательные вещества будут обратно забираться в форме компоста или согласно договоренности между предприятиями о использовании переброженного гноя. По такой же модели необходимо организовать вывоз вредных веществ.
Если утилизацию отходов можно организовать в рамках, дозволенных действующим законодательством, то важно получить для этого все необходимые разрешения от государственных органов.